二十世纪初的中国教育在新潮、旧制这对矛盾体的反复较量中如剥茧抽丝般艰难前行。新潮涌动必施新政，这是社会发展的必然规律。废除已实行一千三百年之久的科举制度，是各项教育新政中最具里程碑意义的。

1905年9月2日,清光绪帝下谕旨“所有乡会试一律停止,各省岁科考试亦即停止”。一道谕旨结束了多少读书人“学而优则仕”的梦想，一时间不会再现金榜题名时的扬眉吐气，亦不会有名落孙山时的悲苦神伤。

科举废除的1905年，对南洋公学来讲同样具有不凡意义。

这一年，公学移交清廷商部管辖，更名为“商部上海高等实业学堂”。随着隶属关系的变化，学校在办学方向、专业设置、人事管理等方面，均出现较大变动。在学科设置上，因地处商务最盛的上海，又隶属商部，自然要有商科类专业。其次，因经费皆由轮电招商局拨付，理应为两局输送专业人才，故而考虑添设轮船、电机专科。自此，学校开始以讲求实业和培养工商业专门人才与工程技术人才为主，标志着学校办学方向的重大转折。

这一年，公学奠基者盛宣怀请辞督办一职，离开了他倾注十年心血的学校。这十年间，盛公筹划办学资源、延聘教习人才，即便是学生招考、派遣留学这样的具体事务均不遗余力，为近代中国经济和社会发展培养出大批有为之才。他推行“中学为体、西学为用”的思想理念，讲求实学实用的教育范式，深刻影响着学校后来的办学实践与育人特色。

科举制度的废除，表明了清政府大力推行新学制和学堂教育的决心。然而，清政府的这一教育主张，南洋公学早在十年前就已实行，并积累诸多经验。科举废除时，公学已开始尝试培养社会急需的实业人才，不知这一实践探索，比当时法政科占主体的教育时局又超前多少年。