交通大学具有光荣革命传统，解放前即被誉以上海“民主堡垒”，此传统可上溯至20世纪初的“墨水瓶事件”。1902年11月，南洋公学全校200余名学生为抵抗学校专制行为集体退学，因缘于一墨水瓶，故称为“墨水瓶事件”，它可以说是中国近代教育史上发生最早，规模最大的一次学运。

事件原委大致为：11月5日，公学五班上课，文科教习郭镇瀛见师座有一空墨水瓶，以为有人故意捉弄嘲讽他，大怒，严辞追查，结果全班无人回应。郭氏威吓离己最近的学生伍正钧，限以三日告发，迟则加罪。此后，五班一年小学生因与伍正钧有怨，诬称系伍所为。13日，应郭镇瀛要求，公学公开开除伍正钧及其两旁的学生贝蝇伯、陈承修，招致五班学生激烈反对。虽与校方几经申辩、力争，仍无济于事，全班学生遂决意集体退学以示抗议。临行前与其他各班一一道别，并陈以事情原委，公开申明反对学校专制行为。校长汪凤藻获悉，不问情由，宣布开除五班全体学生。闻此，公学学生群情激愤，公推学生代表，请汪氏收回成命。汪氏大怒，不允，决定以此示儆。全校学生讨论决定集体退学，以抗议学校专制武断行为。出于爱护学生，特班主任蔡元培曾试图从中斡旋，但了无收效。公学200余名学生遂整体列队，三呼“祖国万岁”后，依低到高秩序井然走出校门，区区大厦仅剩八九个老师范生依窗长叹。蔡元培亦愤然辞职。汪、郭二人不辞而别，盛宣怀虽竭力挽回仍无可避免，全校有145人退学。事后盛氏苦心积虑，多举并措，逐渐恢复公学旧貌。然“自由、民主”之观念开始在公学不断滋长。

“墨水瓶事件”事发并非偶然，实为公学新学与旧体矛盾沉积之必然，其犹如学生社会“一声霹雳”，开中国学生反对专制，追求学业自由之大幕。其影响深远，既为交大深厚革命传统奠基，亦为全国学生界之楷模。紧随其后，浙江浔溪公学、江南陆师学堂、浙江大学堂纷纷发生学生退学、罢课、集会等系列反对封建专制斗争。梁启超曾公开誉其“必将为中国教育史上一最大纪念”。